Bei der Behandlung mit einem Magenballon treten in der Regel keine schwerwiegenden Komplikationen auf.
Der Magenballon kann ca. 6 Monate im Magen bleiben. Dann sollte er entfernt werden, da aufgrund des enzymhaltigen Mageninhalts das Material angegriffen werden kann und die blaue Kochsalzlösung entweichen könnte. Man kann jedoch ohne Unterbrechung oder nach 4-6 Wochen direkt einen neuen Magenballon einsetzen, falls der Patient mit dem Erfolg noch nicht ganz zufrieden ist.